গত ২৬ মার্চ জাতীয় মসজিদ বায়তুল মোকাররমে সহিংসতার ঘটনায় হেফাজতে ইসলামের ১৭ জন কেন্দ্রীয় নেতার বিরুদ্ধে মামলা দায়েরের নিন্দা ও দু-একটি পত্রিকায় জামায়াতকে অপ্রাসঙ্গিকভাবে টেনে আনার প্রতিবাদ জানিয়ে বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামীর কেন্দ্রীয় প্রচার সেক্রেটারী ও নির্বাহী পরিষদ সদস্য মতিউর রহমান আকন্দ ৬ এপ্রিল প্রদত্ত এক বিবৃতিতে বলেন,

“গত ২৬ মার্চ জাতীয় মসজিদ বায়তুল মোকাররমে সহিংসতার ঘটনায় ৫ এপ্রিল পল্টন থানায় হেফাজতে ইসলামের ১৭ জন কেন্দ্রীয় নেতার বিরুদ্ধে রাজনৈতিক উদ্দেশ্যপ্রণোদিতভাবে ষড়যন্ত্রমূলক মামলা দায়ের করা হয়েছে। সেদিন বায়তুল মোকাররম মসজিদে আওয়ামী যুবলীগ, ছাত্রলীগের সন্ত্রাসী কর্মকাণ্ড ও সহিংসতা সমগ্র বিশ্ববাসী প্রত্যক্ষ করেছে। তাদের সহিংসতা ও বর্বর হামলার শিকার হয়ে ঢাকা, চট্টগ্রাম ও ব্রাহ্মণবাড়িয়ায় ১৭টি তাজাপ্রাণ শহীদ হয়েছেন। জাতীয় মসজিদ বায়তুল মোকাররমকে রক্তে রঞ্জিত করা হয়েছে। কিন্তু খুবই পরিতাপের বিষয় যাদের দ্বারা এ নারকীয় তাণ্ডব সংঘটিত হয়েছে, তাদেরকে এখনো গ্রেফতার করা হয়নি এবং তাদের বিরুদ্ধে কোনো মামলাও দায়ের করা হয়নি। উল্টো হেফাজতে ইসলামের নেতৃবৃন্দের বিরুদ্ধে মামলা দায়ের করা হয়েছে, যা অত্যন্ত দুঃখজনক। আমরা আরও লক্ষ্য করছি যে, দু-একটি পত্রিকা অপ্রাসঙ্গিকভাবে জামায়াতকে জড়িয়ে খবর পরিবেশন করেছে। আমরা ষড়যন্ত্রমূলকভাবে এ মামলা দায়েরের এবং জামায়াতকে জড়িয়ে মিথ্যা খবর পরিবেশনের তীব্র নিন্দা জানাচ্ছি।

অবিলম্বে হেফাজতে ইসলামের কেন্দ্রীয় নেতৃবৃন্দের বিরুদ্ধে দায়ের করা এ মামলা প্রত্যাহার করে গ্রেফতারকৃত সকল নেতা-কর্মীদের মুক্তি দেয়ার জন্য ও জামায়াতকে জড়িয়ে মিথ্যা খবর পরিবেশন থেকে বিরত থাকার জন্য আমরা সংশ্লিষ্ট মহলের প্রতি আহবান জানাচ্ছি।”